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Tracking Taxonomy Updates

分类学更新跟踪

Use authoritative sources to report taxonomy changes with explicit versions, dates, and provenance.
使用权威来源报告分类学变更，包含明确的版本、日期和溯源信息。

Instructions

操作步骤

  1. Determine scope (domain, timeframe, output type).
  2. Pull authoritative updates and release notes.
  3. Extract versioned changes and impacts.
  4. If assigning taxonomy, run domain-appropriate tools and normalize IDs.
  5. Deliver a versioned report with conflicts flagged.
  1. 确定范围（领域、时间范围、输出类型）。
  2. 获取权威更新内容及发布说明。
  3. 提取带版本的变更内容及影响。
  4. 若需分配分类学信息，运行适用于对应领域的工具并标准化ID。
  5. 交付标记冲突的带版本报告。

Quick Reference

快速参考

TaskAction
SourcesSee 
reference/sources.md
ToolsSee 
reference/tools.md
IDs/ranksSee 
reference/ranks-and-identifiers.md
Report templateSee 
reference/report-template.md
QA checklistSee 
reference/qa-checklist.md
EnvironmentSee 
env/README.md
任务操作
来源参见 
reference/sources.md
工具参见 
reference/tools.md
ID/分类等级参见 
reference/ranks-and-identifiers.md
报告模板参见 
reference/report-template.md
QA检查清单参见 
reference/qa-checklist.md
环境配置参见 
env/README.md

Input Requirements

输入要求

  • Domain(s) and timeframe
  • Source systems to compare (NCBI/GTDB/ICTV/etc.)
  • Sequences or genomes (for assignment workflows)
  • 研究领域及时间范围
  • 需对比的源系统（NCBI/GTDB/ICTV等）
  • 序列或基因组（用于分配工作流）

Output

输出

  • Versioned taxonomy update summary
  • Conflict report across sources
  • Standardized taxonomy assignment table (when applicable)
  • 带版本的分类学更新摘要
  • 跨源系统的冲突报告
  • 标准化分类学分配表（适用时）

Quality Gates

质量校验项

  • Every “latest” claim includes date, version, and authority
  • Stable identifiers used for joins (taxids, GTDB IDs)
  • Provenance captured (tool version, DB release, run date)
  • 所有“最新”声明均包含日期、版本及权威来源
  • 使用稳定标识符进行关联（taxids、GTDB IDs）
  • 记录溯源信息（工具版本、数据库版本、运行日期）

Examples

示例

Example 1: Update scan scope

示例1：更新扫描范围

text
Domains: Bacteria + Archaea
Timeframe: last 12 months
Output: summary table + pipeline impact notes
text
领域：细菌 + 古菌
时间范围：过去12个月
输出：摘要表格 + 流水线影响说明

Troubleshooting

故障排除

Issue: Conflicting taxonomy between sources Solution: Report both with explicit conflict flags and provenance.
Issue: Missing stable IDs Solution: Resolve via TaxonKit and capture merged/deleted taxid warnings.
问题：不同源系统间分类学信息冲突 解决方案：同时报告两种信息，明确标记冲突并附上溯源信息。
问题：缺失稳定ID 解决方案：通过TaxonKit解决，并记录合并/删除taxid的警告信息。