polars-dovmed

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polars-dovmed

Full-text search across 2.4M+ PMC Open Access papers for literature discovery and extraction tasks.

针对超过240万篇PMC开放获取论文进行全文搜索，用于文献发现和提取任务。

Instructions

操作说明

Load the API key from a secure location.
Run a full-text search or metadata query.
Extract required fields (titles, DOIs, accessions, snippets).
Summarize results and cite sources.

从安全位置加载API密钥。
运行全文搜索或元数据查询。
提取所需字段（标题、DOI、登录号、片段）。
总结结果并引用来源。

Quick Reference

快速参考

Task	Action
API key	`POLARS_DOVMED_API_KEY` in env or `~/.config/polars-dovmed/.env`
Base URL	`https://api.newlineages.com`
Rate limit	100 queries/hour

任务	操作
API密钥	环境变量 `POLARS_DOVMED_API_KEY` 或 `~/.config/polars-dovmed/.env` 文件中配置
基础URL	`https://api.newlineages.com`
请求速率限制	每小时100次查询

Input Requirements

输入要求

API key (
```
POLARS_DOVMED_API_KEY
```
)
Search query and filters (year, journal, organism, etc.)

API密钥（
```
POLARS_DOVMED_API_KEY
```
）
搜索查询和筛选条件（年份、期刊、生物等）

Output

输出

Paper lists with metadata (PMC ID, DOI, title, year)
Matched text snippets
Extracted entities (genes, accessions, terms)

包含元数据的论文列表（PMC ID、DOI、标题、年份）
匹配的文本片段
提取的实体（基因、登录号、术语）

Quality Gates

质量检查项

API key loaded successfully
Query results match expected scope
Extracted fields validated for completeness

API密钥加载成功
查询结果符合预期范围
验证提取字段的完整性

Examples

示例

Example 1: Minimal search (Python)

示例1：最简搜索（Python）

python

import httpx

headers = {"X-API-Key": "YOUR_KEY"}
resp = httpx.post(
    "https://api.newlineages.com/search",
    headers=headers,
    json={"query": "CRISPR archaea", "limit": 10},
)
print(resp.json())

python

import httpx

headers = {"X-API-Key": "YOUR_KEY"}
resp = httpx.post(
    "https://api.newlineages.com/search",
    headers=headers,
    json={"query": "CRISPR archaea", "limit": 10},
)
print(resp.json())

Troubleshooting

故障排除

Issue: 401 Unauthorized Solution: Verify

POLARS_DOVMED_API_KEY

and reload the environment.

Issue: 429 Rate limited Solution: Wait for quota reset or reduce request frequency.

问题: 401 未授权 解决方案: 验证

POLARS_DOVMED_API_KEY

并重新加载环境。

问题: 429 请求速率受限 解决方案: 等待配额重置或降低请求频率。