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bio-blat

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BLAT API Searching

本地BLAT序列比对

Quick start

快速开始

Run BLAT locally via the Python CLI script. The script manages reference downloads.
通过Python CLI脚本在本地运行BLAT，该脚本会管理参考序列的下载。

Utility script

实用脚本

Install dependencies:
bash
uv pip install typer
Run BLAT with a FASTA file:
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference hg38 --fasta path/to/query.fasta
Run BLAT with a raw sequence:
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference CHM13 --sequence ACTG...
Save JSON output to a file:
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference hg38 --sequence ACTG... --output blat.json
安装依赖：
bash
uv pip install typer
使用FASTA文件运行BLAT：
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference hg38 --fasta path/to/query.fasta
使用原始序列运行BLAT：
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference CHM13 --sequence ACTG...
将JSON输出保存到文件：
bash
python scripts/run_blat_local.py run --reference hg38 --sequence ACTG... --output blat.json

When to read references

参考文档阅读指引

  • Local BLAT setup and references: See 
    references/local_blat.md
  • 本地BLAT配置与参考序列：请查看
    references/local_blat.md

Workflow (local-only)

本地工作流程

  1. Confirm the reference assembly (
    hg38
    or 
    CHM13
    ).
  2. Ensure the 2bit reference exists in 
    ~/.local/share/blat
    .
  3. Use the CLI script to run BLAT and get a PSL output.
  4. If FASTA has multiple sequences, split into one sequence per file.
  1. 确认参考基因组组装版本（
    hg38
    或
    CHM13
    ）。
  2. 确保.2bit参考序列存在于
    ~/.local/share/blat
    目录中。
  3. 使用CLI脚本运行BLAT并获取PSL格式的输出。
  4. 如果FASTA文件包含多个序列，请将其拆分为每个文件一个序列。